El accidentado relieve y particular historia natural del Perú ha causado que éste sea considerado uno de los doce países megadiversos, con una gran variedad de ecosistemas y, consecuentemente, de flora y fauna.
Flor de la Cantuta, flor nacional del Perú.
La vicuña, habitante representativo de la Sierra Sur.
El jaguar, habitante representativo de la Selva Baja.El Perú presenta en su territorio 6 biomas terrestres diferentes, 2 biomas marinos y 3 biomas de agua dulce.
A lo largo de la mayor parte de la costa se extiende el desierto del Pacífico, mientras que en la costa norte y valles interandinos del Marañón y algunos afluentes, se extiende el bosque seco ecuatorial, un tipo de ecosistema similar a una sabana tropical que proviene de la convergencia de afluentes amazónicos, andinos y del bosque tropical del Pacífico. En las desembocaduras de los ríos Tumbes y Piura se extienden los manglares.
Subiendo a los Andes se extiende el bioma de matorral montano. Según el Fondo Mundial para la Naturaleza, los ecosistemas correspondientes son la puna seca, la puna húmeda y el páramo.
El bioma más extendido del país (59% del territorio) así como el más biodiverso se encuentra al oriente: la selva amazónica peruana. Ésta se subdivide en selva baja y selva alta. Los ecosistemas que en esta región destacan son bosque de neblina (al norte de los departamentos de Piura y Cajamarca) y una pequeña porción de sabana de palmeras en el extremo oriental del país, en el departamento de Madre de Dios.
Gallito de las rocas (Rupicola peruviana), ave típica de la ceja de selva.En cuanto al mar peruano, dos corrientes marinas que discurren en sentido contrario caracterizan sendos ecosistemas. De la latitud 6° S hacia el norte se presenta la Corriente del Niño o zona llamada del mar cálido con una temperatura que oscila oscila entre los 20 °C y 27 °C. Esta invade a la Corriente de Humboldt, que caracteriza la zona llamada del mar frío y con temperaturas que oscilan entre los 12 °C y 19 °C.
Aunque las dos corrientes brindan recursos innumerables, es la corriente de Humboldt la de mayor importancia debido a que ella presenta abundancia de plancton y se encuentra en la zona de amplitud del zócalo continental, la cual favorece a una mayor productividad y cantidad de recursos marinos, tal es el caso de la producción masiva de harina de pescado.
La flor nacional es la cantuta y el árbol más representativo del país es el árbol de la Quina. En cuanto a fauna, las especies más emblemáticas son la vicuña y el gallito de las rocas.
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